Kesatuan dipengerusi oleh seorang Presiden yang dipilih secara syura dalam Mesyuarat Agung. Ia dibantu oleh tiga orang timbalan yang dipilih untuk tempoh empat tahun sekali. Kerja-kerja pentadbiran dikendalikan oleh seorang Setiausaha Agung yang juga menjadi Pengarah Sekretariat Kesatuan.

Sejak daripada awal penubuhan, jawatan Presiden disandang oleh pengasasnya sendiri Syeikh Dr Yusof Al-Qaradawi higga 2018. Para timbalannya sering bertukar ganti. Oleh kerana matlamat Kesatuan adalah untuk menghimpunkan umat Islam dari pelbagai lokaliti dan aliran, maka Qaradawi seringkali mencadangkan tokoh-tokoh dari pelbagai aliran dan tempat sebagai timbalannya. Antara tokoh yang pernah menjadi timbalannya adalah dari Afrika, Eropah, dan Asia melibatkan Sunni, Syiah dan Ibadi.

Presiden

Setiausaha Agung

Anggota Lembaga Pemegang Amanah

Kesatuan ini dipimpin oleh sebuah organisasi yang dinamakan Lembaga Pemegang Amanah (Majlis al-Amna'). Ia terdiri daripada 12 anggota tertinggi dan 24 anggota lain. Berikut merupakan barisan kepimpinan yang dipilih pada Perhimpunan Agung ke-5 mereka yang berlangsung pada 3-7 November 2018[2].

Kemas kini pada 16 September 2022

Pengerusi Lajnah